Формируется вторично в октябре 1941 года в Ереване в составе 66, 221, 307, 55ап. Номер дивизии и номера полков остались от дивизии первого формирования погибшей в составе 63СК в окружении в районе Рогачева. На формирование дивизии поступали призванные по мобилизации бойцы, подразделения 517 батальона аэродромного обслуживания, бойцы 6 тбр и др.. Основная масса призывников была из жителей закавказских республик СССР. Национальный состав дивизии был довольно пестрым. В ней были русские, украинцы, грузины, азербаджанцы и армяне. Большинство было необученными военному делу. К 10 ноября дивизия насчитывала уже до 3000чел.. В дивизию вливались участники войны из госпиталей становившимися командирами взводом и отделений. В начале ноября 41г. командиром дивизии назначается подполковник Кузнецов. 15 декабря дивизии присваивается номер 61. К 15 декабря дивизия была уже полностью укомплектована личным составом. С 20 декабря входит в состав 45А и дислоцируется в Ленинакане и окрестностях.

11 июня 42г. дивизии вручалось боевое знамя. В конце лета участвует в учениях 45А. На фронте летом 42г. происходили трагические события. Нанеся тяжелое поражение армиям южного крыла Красной Армии немецкие войска форсировали Дон и развернули наступление на Кавказ. 22 августа дивизия выступила на фронт. Перед самым выступлением половина личного состава - 5,5тыс. солдат и офицеров закавказских соединений передается из состава дивизии на укомплектование национальных соединений ЗакФ. Дивизия же получает пополнение из русских, украинцев и белорусов. В их составе было много необученных бойцов. Уже в эшелонах на марше приходилось вести срочны работы по сколачиванию подразделений.

В первой половине августа 42г. немецкие войска захватив Ставрополь, Моздок и двигались к перевалам Главного Кавказского хребта. В связи с захватом Санчарского и Клухорского перевалов возникла угроза Сухуми. 26 августа командир дивизии и комиссар были приняты в Сухуми представителем Ставки Берия Л.П.. Он лично поставил задачу обороны "пиленковских позиций". Утром 27 августа дивизия выступила из Сухуми на Пиленково.

28 августа комиссар дивизии оставшийся в Сухуми получает новый приказ. Один полк бросить на Гудаутский перевал, сбить с него немцев и во взаимодействии с группой полк. Пияшева овладеть Санчарским перевалом. 307сп был повернут к горам двигаясь вдоль р.Баклановка. От с. Мцари к Гудаутскому пер. шла одна единственная труднопроходимая горная дорога. Полковую артиллерию и обозы пришлось оставить. Бойцы на себе несли станковые пулеметы и минометы. За полком с трудом двигались неск. навьюченных лошадей. Плохо было с продовольствием, т.к. с собой взяли только сухой паек на несколько дней. Два дня полк поднимался по тропе по лесистым склонам гор. Переход отягощали непрерывные дожди. За два дня было пройдено 20км и в ночь на 30 августа полк расположился на ночевку. Небольшая речка Баклановка взбухла от сильных дождей и вышла из берегов. Бойцы были вынуждены спасаться от наводнения и спасать вооружение. Два дня полк вел борьбу с рекой наводя переправу.

Тем временем 8 рота 3 б-на вместе с частями 51сбр уйдя вперед с 29 августа вела бой на Гудаутском пер.. Противник закрыл единственную дорогу к перевалу. Успеха рота не добилась, но спуск противнику вниз с занятого перевала был прегражден. 2 сентября дождь прекратился, река улеглась и полк переправился вышел к урочищу Абгалара. Предстоял штурм перевала. Западнее перевала в обход была направлена стрелковая рота с двумя минометами для удара в тыл. Противник не ожидал атаки с тыла. Неожиданным ударом бойцы поставили немецкий батальон под угрозу окружения. Немцы были вынуждены поспешно отступать перестреляв своих лошадей. Бойцы полка ушедшие в этот рейд с небольшим запасом продовольствия уже проголодались. Хлеб имевшийся у них из-за дождей размок и захваченный у врага скот пришелся как раз изголодавшимся людям, подкрепившимся мясом. Преследуя противника мелкими группами полк продолжил путь вглубь гор. Утром 5 сентября проходили по необычайно крутому спуску. Люди двигались гуськом с опаской. Каждое резкое движение могло привести к обвалу. Наконец к вечеру полк вышел на берег р.Бзыбь. Одновременно сюда вышли части полк. Пияшева и б-н Сухумского пех. училища. Все эти части были объединены в группу Пияшева.

Немцы подготовились к обороне единственного на южном склоне ГКХ населенного пункта Псху в районе перевалов Доу и Ачавчар. Этот нп служил базой снабжения немецких частей в горах. В его окрестностях располагался аэродром. Оборона врага проходил по высотам ю-в Псху и р.Бзыбь. Стало известно что немцы прорывалось через Клухорский пер. и двигаются на ю-з к переправе через р.Бзыбь. 307сп выставил заслон закрывающий подход к р.Бзыбь и стал готовиться к штурму Псху. 3сб получил задачу обойти Псху с ю-в по ущелью и атаковать аэродром. 1бн и б-н сводного полка наступали на переправу через Бзыбь. 8 сентября 3б-н двумя ротами вышел к аэродрому и напал внезапно на немцев находившихся в домах. 9 рота атаковала Псху с ю-в. В это же время 7 наших бомбардировщиков сбросили бомбы на Псху. На аэродроме началась паника. 1 б-н открыл огонь по немецкой роте работавшей на переправе. Такой одновременный удар оказался счастливой случайностью т.к. связи с обходившим батальоном и авиацией не было. В результате такой совместной атаки к часу дня 8 сентября аэродром и Псху были заняты 307сп. Были захвачены медикаменты, продовольствие и боеприпасы. Через два дня наши самолеты стали приземляться на аэродром и снабжение наладилось.

Немцы стали отступать вдоль р.Бзыбь к Санчарскому перевалу. Преследуя их 307сп вышел к выс. 1006 где враг закрепился. У немцев оказалась хорошая позиция, т.к. была лишь одна тропа пролегавшая по самой высоте. Завязались ожесточенные бои длившиеся до 18 сентября. Двигаться дальше по тропе было невозможно. Попытки найти другой подхода на Санчар были тщетны. Военком 1 б-га Даниэлян подобрал 18 смельчаков и во главе этой группы вооруженной автоматами, гранатами и ножами. Группа должна была забраться по каменистому гребню на вершину высоты. Несколько рот демонстративными атаками и обстрелами противника отвлекали его внимание. Начавшая подъем по склону группа быстро шла вперед истребляя одиночные огневые точки и скоро не обнаруженная с вершины добралась до нее. В рукопашной схватке группе удалось удержать за собой вершину. С рассветом 19 сентября немцы отступили на Санчар.

Подход к перевалу оказался труднее чем предполагалось. Немцы обстреливали пути из пулеметов с хребта западнее выс. 1006. Попытки выбить врага атаками с разных направлений были безрезультатными. Дело шло к зиме. Начинался октябрь. Вершины Кавказских гор стали покрываться снегами. Батальон 66сп перебрасывался навстречу 307сп. 12 октября с наступлением темноты два батальона 66 и 307сп приготовились к штурму. Снега было уже 2 метра. Местами образовались непрерывные снежные завалы. Стояли морозы. Преодолев покрытые снегом скалы группы на которые разделились батальоны вышли на вершины хребта. Утром внезапно эти отряды атаковали окопы противника. Целый день 13 октября шел бой на хребте. К утру 14 октября сопротивление противника было сломлено. Прикрывшись с запада батальоны двинулись на Санчар по хребту. К 3 часам дня Санчарский перевал был очищен от противника. Противник очистил ввиду этого и окружающие перевалы и отступил к северу.

Все это время 66 и 221сп вели работы по оборудованию оборонительных рубежей по всему побережью вдоль Черного моря от Пиленково до Гудауты. Оборонялись также перевалы в горных проходах к Черному морю.

В январе 43г. немецкие войска под угрозой окружения начали отход с Северного Кавказа. 61сд перебрасывалась в состав 56А Черноморской группы ЗакФ. Был получен приказ пересечь отроги Кавказа через Шабановский перевал и овладеть Кубанской ст. Новодмитровской прикрывавшей с юга Краснодар. Совершив тяжелый марш вдоль побережья дивизия сосредоточилась в районе Ставропольской. Путь пролегал по горным дорогам засыпанным снегом. Выступив 5 января к 13 января сосредоточилась у ст.Сторожевой. Начались работы по строительству горных дорог. Как только подошли к горам стало понятно что артиллерия пройти сразу не смогут. Было принято решение направить в первую очередь стрелковые части и вьючный транспорт, артиллерию и тяжелые минометы с обозом во вторую очередь. Лошадей и вьюков не хватало, боеприпасы и вооружение бойцы несли на себе. Такая нагрузка усложняла и без того тяжелы горный марш. Шли круглосуточно дожди и дороги размокли. Горные же дороги стали вовсе непроходимыми. Люди и лошади увязали по колено в грязи. Промокшие уставшие люди от зари до зари прокалывали дорогу. Однако из-за погоды качество дороги не улучшалось. Грунт размывало горными водами, бревенчатый настил расползался. Едва наши части преодолели горы как дожди сменились небольшими морозами. Грязь частично замерзла и люди стали скользить. Четверо суток дивизия преодолевала перевал.

18 января получила приказ на подготовку к наступлению. Противник еще 11 января начал отводить свои войска с перевалов. Начав преследование в тяжелых горных условиях части ЧернГВ спустились с гор и приступили к штурму станиц в предгорьях закрывавших путь на Краснодар. Противник оборонялся в Новодмитровской крупными силами. Дивизия же перемахнув через горы не имела артиллерии, еще остававшейся за перевалом. Трудно было и с продовольствием. 20 января бойцы пошли на штурм Новодмитровской. Ввиду отсутствия артиллерии атака была предпринята с заходом солнца. Атаковавшие полки смогли прорваться лишь к окраинам станицы. Немцы приступили к контратакам, которые усилились утром. Из-за недостатка боеприпасов и исчерпав взятый боезапас полки были вынуждены отступить на исх. позиции. Для двух полков участвовавших в атаке это был первый бой за войну. В неудаче атаки сказалась необстрелянность. 22 января с подходом подкреплений атака была повторена, но снова неудачно. Было решено перейти к оборону.

После приведения в порядок и подвоза боеприпасов 8 февраля наши части вновь перешли в наступление. Для усиления было придано 2 танковые роты. Подошёл артполк, правда имевший недостаточное количество снарядов. Атака был в целом неудачной, противнику удалось оттеснить наши части. Несколько дней шли бои с переменным успехом. Утром 13 февраля дивизия вновь перешла в атаку и к утру 14 февраля полностью овладела станицей. Преследуя врага вышла к ст.Северская.. 18 февраля овладела этой станицей. Продолжая преследование за 19-20 февраля проходит 60км. 10-11 марта ведет бои за Абинскую, вскоре была выведена на пополнение.

4 апреля дивизия вступила в бой за ст.Крымскую ю-в станицы. Вокруг Крымской находился мощный пояс укреплений - т.н. "Голубая линия". По обратным скатам высот врагом были вырыты две траншеи полнгго профиля, построены дзоты. Чтобы подойти к позициям врага надо было преодолеть открытую долину и протекавшую в ней речку. В глубине обороны врага господствовала выс. 204,3 превращенная в мощный опорный пункт. До 16 апреля шли тяжелые бои. Атаки наших войск и контратаки противника сменялись друг за другом. Траншеи десятки раз переходили из рук в руки. Прорвать оборону врага в этот раз не удалось. В конце апреля дивизия была отведена на отдых.

23 апреля дивизия награждалась орденом Красного Знамени.

Вторую половину апреля и начало мая дивизия провела в резерве готовясь к боям. Пехота проводила учения по преодолению обороны противника. К новому наступлению дивизия была пополнена до штатной численности. Тем временем войска 56А 2 мая овладели Крымской и форсировали р.Неберджайка. 7 мая 61сд вводится в бой продвигаясь по склонам гор поросшим лесом в районе ст.Неберджаевской. Местность была трудно проходимой для артиллерии, которую приходилось преодолевать на руках. Перейдя в наступление полки углубились в лес но попали под фланговый контрудар. Продвинуться удалось на 1км. Соседние дивизии отстали и враг обстрелом флангов угрожал нашим коммуникациям. Позиции наших войск подвергались мощным налетам авиации. Противник стремился ликвидировать вбитый выступ. В этих боях соединение понесло большие потери. 7 мая погиб командир 221сп подп. Акопов, вскоре был убит командир 55ап майор Буйневич. До 13 мая дивизия удерживала свои позиции, но после передачи их 9гсд противник контратаковал и сбил ее с занятых такими жертвами позиций. Отведенная в тыл 61сд вновь оказалась на переднем крае. 221сп был окружен. 307сп отошла на зап. береге р.Неберджайка. Сюда же пробился 221сп. В ходе пятидневных боев дивизия вместе с 9гвсд снова овладели гребнями высот зап. Неберджайки. 1 июня дивизия выводилась в резерв СКФ.

В июне 43г. дивизия пополнялась готовясь к новым боям. 4 июля в составе 10ГвСК занимает оборону в составе 56А на участке Свобода, Молдаванское. Противник потеряв "голубую линию" построил новый рубеж оборону по цепи высот и крупных кубанских станиц. Наиболее сильно укреплена была выс. 114,1 вдававшаяся в оборону наших войск. Высота была обнесена проволокой и прикрыта минными полями с развитой полевой обороной. Первое наступление на выс. 114,1 было проведено 16-17 июля. После 40мин. артподготовки, которая закончилась залпом тяжелой бригады РС и удара штурмовой авиации части 5гвсбр и 66сп перешли в атаку. Преодолев минные и проволочные заграждения наши части прорвали оборону противника и к 8 утру полностью овладели высотой 114,1. Остатки 204гсп 97лпд противника в беспорядке отступили. Приведя себя в порядок немцы перешли в контратаки стремясь вернуть утраченные позиции. До вечера наши войска отразили до 10 контратаки с учатием танков. В 18:00 после сильного артналета противник силой до батальона пехоты и 15 танков атаковала части 5гвсбр и потеснил их. Сильным огнем нашей артиллерии продвижение противника было остановлено. Но немцы решили во что бы то ни стало отбить потерянную высоту. 17-18 июля противника предпринял несколько атак отбитых нашими войсками. Тогда 19 июля в ходе новых атак с применением танков и при поддержке артиллерии крупных калибров и авиации частям врага удалось ворваться на вост. и ю-в склоны высоты. Вместе с 5гвсбр на высоте вел ожесточенный оборонительный бой 221сп. Измотав противника и нанеся ему потери наши части во второй половине дня контратаковали и потеснили их с высоты. Немцы вновь перешли в атаку. Под прикрытием сильного огня своей артиллерии в бой шли штурмовые группы вражеской пехоты вооруженные большим количеством автоматического оружия и ручных гранат. Наши части не выдержали атаки противника и начали отход с высоты. По приказу командира дивизии полку было приказано восстановить положение. В качестве командиров рот в атаку должны были идти нач. штаба полка и зам. командира как необеспечившие руководство полком. Бой длился до вечера. В частях дивизии были большие потери в командном составе. Понеся большие потери от огня немецкой артиллерии и авиации наши части отошли. К исх. дня высота была вновь в руках врага. 20 июля овладев высотой немцы закреплялись на ней. В боях за высоту погиб нач. штаба дивизии полк. Метропольский.

22 июля подтянув резервы после мощной артподготовки части 56А перешли в наступление на правом фланге армии сев. Молдаванское. Однако противник быстро подтянул к новому участку наступления свои резервы и после небольшого продвижения наши войска понеся большие потери были вынуждены остановиться. Только танковые части 56А в боях 22-23 июля 43г. потеряли 101танк. Не имея успеха конец июля и первую половину августа 43г. дивизия проводит в обороне. 14 августа выводится в резерв для переброски на другой участок фронта.

Дивизию перебрасывали в состав Южного фронта, армиям которого в конце августа 43г. удалось прорвать оборону немецких войск на Миусс фронта и к концу сентября очистив от врага Донбасс наши войска вышли к рубежу обороны противника на р.Молочной.