Сформирована в сентябре-октябре 1941 на Закавказском фронте в рамках реализации постановления ГКО СССР № 459сс от 11.08.1941. Из 10 252 военнослужащих, имевшихся в дивизии после формирования 8979 раньше никогда не держали в руках оружия. Большую часть рядового состава составляли крестьяне армянской и азербайджанской национальностей, тогда как младшие командиры и политруки были русскими и грузинами.

После завершения формирования первоначально продолжала дислоцироваться в Закавказье. В действующую армию поступила 23.11.1941 на основании директивы Ставки ВГК № 005070 от 22.11.1941, войдя в состав 51А. Первоначально соединение было задействовано на обороне Черноморского побережья.

В рамках Керченско-Феодосийской десантной операции наши войск овладели Керчью и Феодосией заставив противника оставить Керченский полуостров. Дивизия после освобождения Керчи была перевезена в порт Камыш-Бурун откуда выдвинулась на Ак Монайские позиции.

13 января 42г. выдвинулась вместе с 224сд в первый эшелон 51А район Киет. Перешла в наступление в районе Киет-Тулумчак, но оно было остановлено противником. Помимо 46пд на этот участок от Севастополя подошли 132 и 170пд. 16 января немецкие войска перешли в наступление на Феодосию прорвав оборону левофланговой 236сд 44А. Ввиду обхода левого фланга отошла обратно на Ак Монайские позиции заняв оборону у Ак Моная.

В течении февраля 42г. части Крымского фронта готовились к наступлению. Так как у личного состава помимо межэтнических противоречий были проблемы с пониманием команд на русском языке в 224, 390 и 396-й сд по указанию Л.З. Мехлиса производилась «частичная взаимная переброска людей по национальному признаку с охватом до 3600 человек». Эти переброски дали определенную однородность состава, причем произведены они были еще в начале февраля. Так из 9779чел. в составе дивизии 5896чел. были армяне.

Во время первого наступление начатого 27 февраля 390сд находилась во втором эшелоне. Была выдвинута на передний край в середине марта 42г.. До 20 марта части 51А не переходили к обороне готовясь к продолжению наступления. Утром 20 марта 20 марта на участке 390сд в районе Корпеч немецкие войска нанесли контрудар силами недавно прибывшей в Крым 22тд. Противник стремился срезать выступ вбитый в его оборону частями 51А. 390, 398сд и 138гсд занимали оборону в основании вбитого выступа. В первый момент атакованные танками части 390-й сд полковника С.Г. Закияна дрогнули и начали отходить, вплоть до высоты 28,2. Две атаки немцев были отражены. В ходе третей атаки после 15:00 немцам удалось овладеть Корпечью. В ЖБД 51А отход 390сд описывался как беспорядочный. Дивизия отходила охваченная паникой неся большие потери. Однако благодаря принятым мерам отход был остановлен. Сосредоточенным огнем артиллерии и залпами ГМП по танкам противника атака противника была остановлена. Ситуация была близка к критической. Позднее особо отмечалось, что именно 20 марта имела место передача радиограммы штабом 51-й армии открытым текстом: «Танки вышли северо-восточнее Корпечи.». На этом этапе ситуацию выправил командир 143-й сбр Г.Г. Курашвили, по собственной инициативе выдвинувшийся вперед и удержавший Корпечь в ходе уличных боев. Подразделения приведены в порядок. Было собрано 2 полка. В целом немецкий контрудар оказался чрезвычайно неудачным. Противник потерял много танков из-за трудных условий местности и огня наших танков и пт артиллерии не добившись по сути никаких результатов.

24-27 марта дивизия при поддержке 39 и 40тбр продолжала частные атаки по овладению Кой-Асанским узлом противника. С востока его атаковали части 44А Черняка. Однако атаки были неудачными. Танки действовали без поддержки пехоты и понесли большие потери. Атака пехоты столкнулась со шквальным огнем артиллерии и минометов противника и залегла. В конце марта 42г. дивизия выводилась в резерв.

Утром 8 мая началась немецкая операция против войск Крымского фронта - "Охота на дроф". Перейдя после мощного удара артиллерии и авиации в наступление части немецкого XXXАК прорвали оборону частей 44А Черняка. Во второй половине дня был отдан приказ на контрудар для локализации прорыва противника. В состав ударного кулака включались 236, 302сд, 390сд, 138сд, 12 и 83сбр и 40, 56тб. В целом разрозненные контрудары в течении 9-10 мая успеха нашим войскам не принесли. Продолжая наступление немецкая 22тд вышла к высотам у Огуз-Топе перерезав пути отхода частям 47А и 51А. Командующий 51А Львов погиб утром 11 мая во время удара немецкой авиации. Армию возглавил начальник штаба полковник Г.И. Котов. Коридор для выхода частей 47А удерживала 77гсд. Котов в докладе указывал, что был возможен планомерный отход, но 390 сд еще раз подвела. Ее два полка сбежали с фронта.

Прижатые к морю части 47 и 51А прорывались из полуокружения после чего продолжили отход на рубеж Турецкого вала. К утру 13 мая сосредоточилась в районе Михайловки. Удержать оборону на Турецком валу было уже невозможно, т.к. он уже был преодолен немецкими подвижными частями. Части Крымского фронта продолжили отход на рубеж Керченского обвода. 14-15 мая шли бои в районе Керчи, после чего остатки наших войск отходили к Еникале где проходила эвакуация на Тамань. Переправа проходила под ударами противника с воздуха. Как указывалось в отчете СКФ переправа шла толпой. Номеров переправлявшихся частей не было. Большую часть техники и артиллерии еще остававшихся у советских войск пришлось бросить или уничтожить. К исх. 19 мая эвакуация была завершена.

После эвакуации на Тамань из остатков эвакуировавшихся войск было начато формирование 6 дивизий. Согласно директиве Ставки ВГК № 170426 командующему войсками Северо — Кавказского фронта о формировании и доукомплектовании соединений фронта от 1.06.1942 18.00: … 4. Обратить на укомплектование формируемых шести дивизий [77, 138, 156, 157, 236, 302] остатки 63, 400, 404, 271, 276, 390, 396, 398, 320, 224-й стрелковых дивизий и 12-й, 143-й стрелковых бригад».