Дивизия сформирована в период с 5 июля по 15 июля 1941 года в Серпухове в соответствии с приказом Наркома НКВД № 00837 от 29.06.1941 года (формирование 15 СД НКВД с последующей передачей их в подчинение НКО). По плану должна была быть сформирована по штату горнострелковой дивизии, но была сформирована как стрелковая.

29 июня Ставка Главного командования приняла решение о немедленном формировании из состава пограничных и других войск НКВД 15 дивизий по штатам военного времени. Две из них, 252-я и 259-я стрелковые, формировались в Серпухове и предназначались фронту резервных армий. 6 июля из Боровского РВК было направлено несколько призывных команд для этих новых дивизий.

19 июля дивизия сосредоточилась в районе Можайска.

259сд 3 августа получила приказ вместе с танковым батальоном из 108сд должна была выйти на рубеж Игнатцы, Новинка. Дивизии предписывалось применять строжайшие меры маскировки. К 8 августа совершив марш сосредоточилась в районе Вел. Село. К 11 августа сосредоточилась во втором эшелоне 34А в районе Высотово, Избитово. С утра 12 августа перешла в наступление оходя Старую Руссу с ю-в. Перед участком дивизии противника не было. Ударная группа 34А имела задачей выйти в райно ст. Тулебля и перерезать пути снабжения Старо Русской группировки противника, затем прижать ее к оз. Ильмень и уничтожить. К 16 августа дивизия продвинулась до рубежа Волышево, Вошково. Впереди дивизии действовала 202мд. К 18 августа 259сд продвинулась до Гуляево, Лотовиново. Однако дивизия непрерывно подвергалась налетам немецкой авиации. Командир дивизии Шилов докладывал что в полках оставалось по 250чел., были большие потери в командном составе. Дальейшее продвидение дивизии прекратилось и она была вынуждена отойти. С утра 19 августа немецкие войска под прикрытием сильной авиабомбардировки перешел в наступление против дивизий 34А. Завязались тяжелые бои. К исходу дня понеся большие потери, особенно в артиллерии на конной тяге были вынуждены начать отход.

259сд отошла в район Утошкино, Казарьево для приведения себя в порядок. 20 августа 34А еще пыталась переломить ситуацию в свою пользу переходя в наступление, но успеха не имела. Тем временем моторизованные группы противника прорвавшись в тыл армии захватили переправы через Полисть в районе Андроново, Трухново грозясь отрезать пути отхода. Прикрываясь арьергардами армия начала отход к переправам.К исх. 21 августа 259сд отошла на вост. берег Полисти на рубеж Волышево, Артемьево. Переправившись через Полисть далее отходила неорганизованными группами, потеряв всю артиллерию и автоматическое оружие к р. Пола. На 23 августа насчитываоа ок. 800чел..

Приведя себя в порядок вновь выдвинулась к участку обороны 34А по р. Пола. 29 августа контратаковала в район Годилово. 30 августа отошла за р.Пола. С 1 сентября наступала на Пустошку на южном берегу Пола. 8-9 сентября моторизованная группа из состава 19тд немцев прорвалась от Молвотицы к Демянску и далее на север к ст. Лычково. Части 34А оказались отрезанными на р. Пола. Штаб армии потерял управление своими войсками и неуправляемые части армии отходили на восток пробиваясь к Лужно.

За окружением основных сил 34А последовали немедленные выводы. Был снят со своего поста командующий СЗФ Собеников П.П. и командующий 34А Качанов К.М.. Новым командующим фронтом стал генерал-лейтенант Курочкин П.А., 34А генерал-майор Алферьев. Бывший командующий 34А Качанов и командующий артиллерией армии были расстреляны.

Остатки дивизий 34А выходили из окружения в направлении Крутики, Бол. Замошье. Остатки 259сд (1200чел.) сосредоточились в районе Кириловщина, Хилково.

После отдыха перешла в наступление на Крутики, но выйдя на зап. окраину успеха не имела.

После пополнения дивизия была c 20 октября 1941 года железной дорогой передислоцирована на Волховский фронт. Вступила в оборонительные бои на подступах к Малой Вишере на рубеже реки Малая Вишера с 24 октября 1941 года, затем с конца ноября 1941 года перешла в наступление, после многодневных безуспешных атак на мало-вишерскую группировку противника всё-таки к 20 декабря 1941 вышла на реку Волхов, освободив в ходе наступления Малую Вишеру, Большую Вишеру, станцию Гряды. Имела в составе на этот день 5351 человек.

В ночь с 25 на 26 декабря 1941 года совершила попытку скрытно прорваться к шоссе Новгород — Ленинград после форсирования Волхова. Ночью в тыл противнику смогли пройти два полка дивизии, действуют на Ленинградском шоссе и железной дороге на участке платформа Лядно — станция Трегубово. Отрезанный от снабжения отряд вёл бои ещё в начале января 1942 года, частично советские войска смогли 5-6 января 1942 года выйти к своим. Потери составили около 800 человек.

30 декабря 1941 года приступила к форсированию Волхова по льду, наступая на Званку, вместе со 176-м стрелковым полком 46-й стрелковой дивизии, попала под кинжальный артиллерийский и пулемётный огонь с укреплённого узла обороны 215-й пехотной дивизии и понесла очень большие потери.

В середине января 1942 года дивизия перешла через Волхов, форсированный силами других дивизий и заняла оборону в районе Горки. 25 января 1942 года приняла полосу обороны под Копцами у 267-й стрелковой дивизии, которая перешла в наступление на Копцы. Ведёт безуспешные бои за Копцы до конца февраля 1942 года. 23 февраля 1942 года дивизия, сдала свою полосу 46-й стрелковой дивизии. Вновь приняла рубеж обороны от 267-й стрелковой дивизии на участке Большое Замошье, Теремец-Курляндский. На тот момент имела в своём составе 4215 человек при 2305 винтовках, 9 станоковых пулемётах, 201 ручном пулемёте, 37 миномётах, 18 76-мм пушках и четырёх 45-мм пушках. Ведёт оборонительные бои, провела частную операцию по захвату деревни Оссия (его оборонял добровольческий легион СС «Фландрия»).

28 февраля 1942 года дивизия сдала свой участок обороны 225-й стрелковой дивизии, была пополнена и в начале марта переброшена через Мясной Бор к правому флангу Любанской группировки 2-й ударной армии и получила задачу овладеть Ольховскими хуторами по возвышенному берегу Керести. Вплоть до 10 марта 1942 года дивизия безуспешно по простреливаемому пространству пытается взять Ольховские хутора, но безуспешно и была переброшена в лес в двух километрах южнее Красной Горки. С 11 марта 1942 года дивизия в составе ударной группы перешла в наступление на оборонительные позиции противника на рубеже Червинская Лука, Дубовик, Коровий Ручей, Красная Горка, Верховье, станция Етино с целью овладения Любанью и перехвата шоссейной и железной дороги Чудово — Ленинград, но вновь без успеха, и к 20 марта 1942 года перешла к обороне. К тому времени дивизия уже была в окружении войск 2-й ударной армии и находится там до июня 1942 года. На 1 июня 1942 года ещё числилось 755 человек начальствующего состава, 825 младшего комсостава и 3813 рядовых.

Из воспоминаний С. А. Солдатова, ветерана дивизии: С кормёжкой дело обстояло безобразно. Ели все, что считали пригодным. Зеленые листики кислицы объедали целыми полянами. Убитых лошадей сгрызли дочиста, невзирая на отвратительный запах падали. Подвоз прекратился. Немцы то и дело перекрывали горловину прорыва у Мясного Бора, где местность напоминала грязный сыр с дырами воронок, утыканный огрызками леса и битой техникой. Мы контратаковали, и тогда по узкоколейке под обстрелом через полукилометровый коридор пропихивали конвои с едой и бое­припасами, пытаясь одновременно вывезти раненых. О страшном и не думали: поднимались под пули и шли… Пленных мы не брали.

К концу мая 1942 года дивизия оказалась в окружении. 24 июня 1942 года остатки дивизии, насчитывающие 156 бойцов и командиров, смогли выйти из окружения. Дивизия была пополнена остатками прорвавшихся из окружения 92-й и 46-й стрелковых дивизий.

После восстановления (в составе стало 8548 человек) дивизия 30 августа 1942 года вступила в бой у деревни Гайтолово в ходе Синявинской операции. 31 августа 1942 года дивизия, прорвала фронт обороны противника, начала продвижение на запад. К исходу 4 сентября 1942 года части дивизии подошли к озеру Синявинское, при этом захватив склады противника. Немецкие войска нанесли удар во фланг дивизии, отрезав и уничтожив 949-й стрелковый полк в полном составе и два батальона 944-го стрелкового полка. Оставшаяся часть дивизии при поддержке 16-й танковой бригады предпринимала попытки деблокады окружённых частей дивизии, продвинулись севернее озера на полтора километра, но так и не смогла пробить коридор для выхода окружённых. Ведёт бои в том районе до середины сентября 1942 года, потеряв убитыми и ранеными большую часть своего комсостава, вплоть до комбатов (не говоря уже о меньших по должности командирах), в том числе командира дивизии. 12 сентября 1942 года противник вновь нанёс удар с фланга вдоль реки Чёрная и снова отрезал 259-ю стрелковую дивизию. В круговой обороне остатки дивизии отражали атаки противника с запада со стороны озера Синявинское и с востока от Гайтолово. В дивизии в скором времени кончились боеприпасы и продовольствие, и в ночь с 29 на 30 сентября 1942 года по приказу остатки дивизии вышли из окружения, имея в своем составе всего около 150 активных штыков (всего из состава дивизии вышло к своим после Синявинской операции по разным данным от 356 до 659 человек)

Подготовка и действия дивизии оцениваются так: В частности, командир 259-й сд потерял управление полками и неправильно информировал вышестоящее командование о положении частей дивизии. Командир 944-го сп этой же дивизии в течение 2—3 сентября не имел связи с батальонами и в течение трех дней не смог найти минометной роты своего полка… у бойцов 259-й сд не было ручных гранат

9 октября 1942 года по директиве Ставки ВГК от 31 августа 1942 № 994180 была направлена в резерв Ставки, 10 октября 1942 года начала погрузку на станциях Жихарево, Войбокало и направлена на станцию Кушуба Вологодской области. Пополнена, в том числе за счёт морской стрелковой бригады и контингента исправительно-трудовых лагерей.

Дивизия вновь была брошена в бой только 19 февраля 1943 года (несмотря на то, что начала переброску на юг ещё в декабре 1942 года, из-за загруженности железных дорог эшелоны дивизии на станцию Лог прибывали с большой задержкой, после чего дивизия в течение трех недель совершала пеший марш к линии фронта) после освобождения Ворошиловграда, когда в результате контрудара немецких войск в районе Дебальцево был окружён 7-й гвардейский кавалерийский корпус, и дивизия пробивала коридор к окружённым кавалеристам близ посёлка Ивановка. Введенная в бой поспешно, ведя наступление личным составом, утомленным длительным маршем, без гаубичной артиллерии, страдая от недостатка боеприпасов (особенно артиллерийских) и перевязочных средств, за неделю боёв дивизия, имея незначительное продвижение вперед, потеряла более 4 тысячи человек, воюя с 302-й и 62-й пехотными дивизиями противника. С 3 марта 1943 года, вела бои совместно с 279-й стрелковой дивизией, приняв от последней 9 марта 1943 года оборонительные позиции на плацдарме, ранее захваченном советскими войсками на правом берегу реки Северский Донец в районе Славяносербск. Однако уже 11 марта 1943 года, не выдержав удара немецких войск и, понеся большие потери в личном составе и особенно в артиллерии, была вынуждена отступить на левый берег реки.

В июне 1943 года из района Ивановки переброшена на рубеж реки Северский Донец в районе Лисичанска, и 18 июля 1943 года форсирует реку и вступает в бои за плацдармы на реке. С 13 августа 1943 года наступает в ходе Донбасской наступательной операции, частью сил 3 сентября 1943 года приняла участие в освобождении Горского и Золотого, в этот же день освободила Попасную, 5 сентября 1943 года отличилась при освобождении Артёмовска и освободила Никитовку, продолжив наступление, участвовала при поддержке 135-й танковой бригады в освобождении Константиновки (6 сентября), Новоэкономического (7 сентября), Красноармейска (8 сентября, во взаимодействии с 3-й танковой бригадой и 35-й танковой бригадой), Чаплино (9 сентября), к 22 сентября 1943 года в район западнее Орехова. В этих боях понесла большие потери: только с 2 по 18 сентября дивизия потеряла убитыми 207 человек, пропавшими без вести 596 человек и ранеными 730 человек. Продолжила наступление в ходе Запорожской наступательной операции (10-14 октября 1943 года), наступая на левом фланге фронта в общем направлении на Царицын Кут и упёрлась в организованную оборону немецких войск. Ведёт ожесточённые бои за Никопольский плацдарм в течение конца 1943 — начала 1944 года в районе хутора Ново-Троицкого Великобелозёрского района.

С 30 января 1944 года перешла в наступление в ходе Никопольско-Криворожской наступательной операции, наступает на Никополь с юго-востока, участвует в освобождении города 8 февраля 1944 года, затем вышла к реке Ингулец Продолжила наступление в ходе Березнеговато-Снигиревской наступательной операции с 6 марта 1944 года, наступает на Березнеговатое, несёт потери на подступах к городу, 13 марта 1944 года выведена в резерв фронта, сосредоточилась в районе Новый Буг. В конце марта 1944 года совершает марш к Южному Бугу без соприкосновения с противником, по маршруту Антоновка, Баратовка, Новопетровка, Троицкое, Женево-Криворожье, Ястребиново, Новопристань, хутор Рюминский. 27 марта 1944 года дивизия вышла в Белоусовку, хутор Троицкий и приступила к форсированию Южного Буга. За ночь сумела переправиться через реку в Червоный Маяк, освободила Дмитровку, Новый Роштадт, хутора Новобелоусовку, Бугаевку, прошла по левому берегу реки Чичиклеи, освободила Каменную Балку, хутора Урсуловка, Подолянка, Новоильинка и вышла на Берёзовку.

В ходе Одесской операции продвигается во втором эшелоне корпуса, 14 апреля 1944 года форсировала Днестр в районе Олонешты, вела тяжёлые бои на захваченном плацдарме.

Принимает участие в Ясско-Кишинёвской операции, через Румынию вошла в Болгарию и до конца войны дислоцируется в Болгарии севернее Софии, боевых действий не ведёт.

Расформирована летом 1946 года.