Дивизия была сформирована в Северо-Кавказском военном округе 16 июля 1940 года. Большая часть призывников в дивизии (до 90%) была из Краснодарского края. В конце мая 1941 года передислоцирована в Крым где вошла в состав 9 особого стрелкового корпуса генерала Батова входившего в Одесский военный округ. К началу Великой Отечественной войны размещалась в окрестностях Евпатории и насчитывала в своём составе до 12000 человек.

24 июня 1941 года был образован Южный фронт и дивизия была включена в состав 9ОСК Батова П.И. Южного фронта. Перед соединением была поставлена задача обороны юго-западной части Крыма от морских и воздушных десантов. Общее протяжение линии обороны составляло около 200 км — от населённого пункта Ак-Мечеть и до села Альма-Томак. 14 августа дивизия была включена в состав 51-й отдельной армии и через два дня получила приказ перейти на новые позиции в районе Перекопа. Для обороны Евпаторийского побережья были оставлены один из стрелковых полков и артдивизион.

Во второй половине августа дивизия заняла позиции на 70-километровом участке фронта, тянувшегося вдоль южного берега Сиваша. Попытки противника сходу прорваться в Крым были отражены частями 397сп 15 сентября 41г.. Отражая первый штурм противником перекопских позиций 26 сентября 442сп атаковал прорвавшие через Турецкий вал части противника у Армянска, но ввиду неуспеха соседей к 30 сентября был вынужден отойти к следующему рубежу на Ишуньских позициях у Карповой Балки. С 18 октября противник начал наступление на Ишуньские позиции. До 30 октября дивизия вела ожесточенные оборонительные бои на Ишуньских позициях. Особенно ожесточенный бой дивизия вела 30 октября у ст. Чирик. Но 1 ноября ввиду прорыва их противником была вынуждена отойти к Джанкою. 3 ноября шли бои у Джанкоя, после чего дивизия стала отступать в направлении Керченского п-ова прикрывая отход частей 51-й армии к Керчи. 6 ноября шли бои за Ак-Монай. 9-11 ноября на подступах к Керчи. 16 ноября дивизия была эвакуирована на Таманский п-ов.

По прибытии дивизия, в составе которой числился 5481 человек, была передана в состав 56-й армии. Зимой 1941/42 года базировалась в окрестностях Ростова-на-Дону, а затем была передана в распоряжение 57-й армии Южного фронта. На 10 января 42г. 106сд насчитыывала 8873чел., 30 станк, 112 ручн. пулеметов, 35 минометов, 15 полевых орудий, 1 пто. 17 февраля 42г. сосредоточилась в г. Изюм. С 28 февраля по 1 марта в составе 57А ведет бои за Громовую балку неоднократно отражая атаки противника стремящегося отбить эту позицию.

К середине мая 42г. оборонялась в центра построения 9А на рубеже Федоровка-Громовая Балка, Елизаветовка (ю-в Барвенково). Правее оборонялась 349сд, левее 341сд. Дивизии центра и правого крыла армии с середины апреля перешли к обороне начав оборудование прочных оборонительных рубежей. Однако неполная укомплектованность соединений, недостаток пт мин и колючей проволоки не позволял создать прочную оборону способную выдержать массированную атаку танков врага. На 15 мая дивизия имела 8860чел. личного состава, 8 122мм, 15 76мм, 12 45мм, 5 зен. орудий, 6 120мм, 86 82мм, 72 50мм минометов, 101 станк., 402 ручн. пулеметов.

Утром 17 мая немецкие войска атаковали наши войска с двух участков(с юга и с востока) в общем направлении на Барвенково. Атаке предшествовал мощный часовой обстрел артиллерией и удар авиации. Одновременно бомбардировались переправы наших войск через Сев. Донец. В 5 утра на позиции наших войск двинулись танки. Оборона дивизии была усилена дивизионом 69гв тап и 665лап РГК. В ходе оборонительного боя немецкие войска подавили огонь нашей пт артиллерии. Начальник артиллерии дивизии подп. Авин погиб в тяжелом бою с танками противника в районе Андреевки. В ходе оборонительных боев была потеряна вся полковая артиллерия. Командир 653ап майор Паринов в первый же день боя уехал в Изюм, где и оставался. Обходя опорные пункты и заграждения немецкие танки прорвали оборону наших войск выйдя им во фланг. К 10 утра оборона была прорвана Богдановка, Елизаветовка, Варваровка захвачены противником. Развивая наступление танки противника прорвались к Барвенково, которым овладели к вечеру 17 мая. Отошедшие на север остатки 341 и 106сд вели бои на сев. окр. Барвенково. 18 мая правая ударная группа противника овладев Долгенькой и Мал. Камышевахой вышла к Сев. Донцу вдоль которого продолжала развивать наступление в с-з направлении к р.Берека. Остатки отошедших в районе сев. Барвенково 341, 106 и 333сд оказались под угрозой окружения. В дальнейшем в течении 18-19 мая остатки этих частей отходили на север к Червонному Шахтёру где переправлялись на сев. берег мелкими группами и одиночными бойцами потеряв почти все тяжелое вооружения.

После сбора подразделения приводили себя в порядок, затем части 106сд были направлены для усиления 343сд вновь овладевшей плацдармом в районе излучины Донца у Изюма. Однако в ходе 8 дневных боев на плацдарме развить с него наступление не удалось и 29 мая наши войска перешли к обороне.

На 20 июня дивизия насчитывала 8618чел., 11 76мм, 15 45мм, 1 зен. орудий. 10 120мм, 73 82мм, 69 50мм минометов.

С утра 22 июня немецкие войска перешли в наступление на участке 9 и правофланговой 38А. Части XXXXVАК противника начали форсирование Донца между Изюмом и устьем р.Оскол. Левый фланг дивизии и соседняя 51сд были вынуждены отойти от берега Донца на север. Форсировавшие реку 97 и 101лпд заняли Капиталовку и Кр.Оскол. Оставив плацдарм за Донцом дивизия была сконцентрирована главными силами против занятого немецкими войсками плацдарма. На данный участок фронта были переброшены части 106 и 81сд, а также 12тбр. Эти соединения с утра 23 июня предприняли наступление на занятый противником плацдарм. Из-за мощный ударов немецкой авиации и сильной поддержки артиллерией в течении дня добиться существенного перелома ситуации не получилось. Ввиду поражение севернее частей 38А Москаленко и выхода танков противника в тыл наших войск оборонявшихся на Донце было решено отвести к утру 24 июня части 38 и 9А за р.Оскол. Прикрытие отхода должны были осуществлять части 5КК, 2 тбр и по одному полку от 81 и 106сд.

Однако осуществить организованный отход за р.Оскол наши войска не смогли. Начав отход отходившие колонны подверглись мощным налетам немецкой авиации. Танковые части противника с севера прорвались к переправе у Гороховатки, а с юга вдоль Оскола к переправе у Комаровки. Под ударами немецкой авиации все переправы оказались разрушенными, а попытки их восстановить неудачными. В районе переправ скопились огромные колонны автомашин, гужевого транспорта и перемешавшихся отходивших частей 9 и 38 армий. Переправить тяжелое вооружение не получилось и его пришлось в основной массе бросить на западном берегу р.Оскол (в последующие дни часть брошенных орудий и минометов удалось вывезти с вражеского берега). К утру 25 июня собранные у Верх. Соленое подразделения 106сд насчитывали всего 2359чел.. Отдельные группы бойцов и командиров продолжали подходить к месту сбора.

К 6 июля 42г. сосредоточилась в районе зап. Сватово. Еще 28-30 июня крупные группировки немецких войск прорвали обоону Брянского и ЮЗФ на Воронежском и Белгородском направлениях. Нанеся поражение армиям правого крыла ЮЗФ танковые соединения немцев устремились к Россоши угрожая выходом в тыл всех армий ЮЗФ. Реагируя на эту угрозу 9А получила приказ отойти на рубеж Белокуракино, Мостки, Федчин. В ночь на 7 июля начался отход частей 9А. К 11 июля пройдя до 200км и делая по 40-50км в день части 9А отошли на р.Евсуг но закрепиться на рубеже этой реки также не удалось. Немецкие танковые части по пятам преследовавшие наши измотанные маршами части сходу прорвали оборону наших войск на р.Есуг. Также танковые части 1ТА Клейста прорвали и оборону левофланговой 37А и опрокинули не успевшую сосредоточится 24А, выйдя тем самым на коммуникации отходивших войск у Верх Тарасовки. К исх. 14 июля остатки 29, 38 и 9 армий были окружены в район зап. Миллерово. 106сд выходила в район Донской, Красный (ю-з Миллерово). В окружении управление частями было окончательно потеряно. Из окружения пробивались отдельные группы бойцов и командиров стараясь выйти к переправам через Донец или дальше к переправам через Дон. Вывезти мат. часть не представлялось возможным и она была вся уничтожена. Командир дивизии полковник Лященко Н.Г. к своим из окружения вышел только 3 августа. В ходе войны командовал рядом соединения Красной Армии. Штаб 9А прорвав 14 июля оборону противника в районе Свободный, Никольская (вост. Миллерово) прошел по тылам противника 15-16 июля в излучине Дона и вышел из окружения в район Цымлянской, Константиновской. Всего вышло до 1100 автомашин, 200 вооружённых бойцов и командиров, 3000 не вооруженных. 24 орудия, 26 установок ГМЧ.

К 28 июля остатки соединения 9А сосредоточились на южном берегу Дона. На 25 июля после отхода за р.Дон все части 9А насчитывала 17447чел., 903 автомашины, 3288 лошадей, 5 гаубиц, 38 орудий, 110 минометов. На 4 июля к примеру части 9А (7сд, 1КК - 3кд и др. части) насчитывала 85447чел., 16277 лошадей, 1159 автомашин, 57 танков, 78 гаубиц, 470 орудий. 106сд находилась в районе Сред. Егорлык. Ввиду форсирования Дона частями 4ТА Гота и начала наступление противника на Северный Кавказ части 9А получили 29 июля приказ сосредоточится в районе Сальска. К 31 июля перешедшие в наступление с плацдарма юж. Ростова части LVIIТК противник овладели Егорлыкской. Остатки соединений 9А (30кд, 318, 296, 242, 255, 51, 81, 106, 140сд и артилл. части) получили приказ на погрузку в эшелоны на ст.Передовая для отправки в район Армавира для доукомлектование. К 2 августа дивизия сосредоточилась в районе Кноково на берегу р.Кубань. Управление 9А было 4 августа направлено в район Прохладного для организации обороны по р.Терек и Урух. Уже 3 августа дивизии немецкого LVIIТК овладели Ставрополем, а 5 августа начали форсирование Кубани в район Армавира. Дальнейшие сведения об остатках 9А теряются. Оборону по р.Кубань организовывали части 12А в состав которой из 9А вошла только 318сд.

Расформирована 28 ноября 1942 года. В январе 43г. в Забайкалье началось формирование новой 106 стрелковой дивизии с теми же номерами полков.